厦门科学城Ⅱ号孵化器聚焦氢能与储能、基因与生物技术、第三代半导体等未来产业领域，以服务科技成果转化和技术转移为核心，主要承载厦门大学、嘉庚创新实验室、翔安创新实验室、鹭江创新实验室的科技成果转化项目以及上海、南京等长三角地区的科技和产业溢出，打造国际化技术转移基地、科技成果转化基地、人才创新创业基地，成为引领示范厦门科学城建设的标杆孵化器。Ⅱ号孵化器选址在厦门大学国家大学科技园（翔安园）2号楼、7号楼和10号楼，科研办公总面积约5.3万平方米，由科技集团控股公司厦门科翔高新产业发展有限公司负责运营管理。

　　自2023年底启动建设以来，截至2024年底，Ⅱ号孵化器已引进落地26家科技型企业和机构，其中包括上海张江高校协同创新研究院、武汉大学厦门技术转移中心、哈工程技术成果转化中心、东南大学校友经济成果转化中心等10余家技术转移机构，初步形成技术转移机构集聚态势。